Az írásbeli ítélet vonatkozó része így szól:

„[...] a Natura 2000 rendelet perben irányadó rendelkezései alapján a fajok, illetve azok élőhelyének a fenntartása a cél. Különbséget kell tehát tenni a fajok és annak egyes egyedeinek védelme között. Nem vitás, a tó medrét érintő kotrás hatással lehet a jelenlévő állatfajok egyedeire, azonban jogsérelmet ezzel kapcsolatban megállapítani akkor lehet, ha a módosítással érintett tevékenység a fajokra, mint az egyedek összességére, egészre, illetve a területen jelenlévő fajok élőhelyének egészére jelent veszélyt.”

Vagyis eszerint a Fertő tavi beruházás csak akkor sértené a Natura 2000-ről szóló rendeletet, ha a tevékenység egy egész faj vagy annak élőhelye fennmaradását veszélyeztetné.

A Fertő tavi beruházást közel 50 százalékkal nagyobb területen engedélyeznék, mint korábban, ez pedig az eddigieknél is nagyobb sebeket ejtene a természeten – írja a Greenpeace Magyarország, ami két éve indított pert a Győr-Moson-Sopron Megyei Kormányhivatal közigazgatási határozata ellen, mert a hivatal a beruházó kérésére engedélyezte, hogy nemcsak a téli időszakban, hanem egész évben végezhessen mederkotrást a Fertő tónál zajló, állami pénzből finanszírozott építkezés területén.

A zöldszervezet szerint ez súlyos természetpusztítás, ami rendkívüli mértékben veszélyezteti ezt az egész Európában különlegességnek számító élőhelyet és az itt élő védett fajokat.